創建時期は不明。祭神の「墨俣大神」はどの神に該当するかは不明である。延喜式神名帳にも祭神は「墨俣大神」とされている。元の位置は現在地より南、墨俣町上宿または墨俣町下宿（美濃路設置前の墨俣宿）であった。1717年（享保2年）、南宮大社の調査で延喜式神名帳の墨俣神社であることが判明する。明治時代の犀川の改修のため、現在地に移転する。